若有非特异性条带,可进行Touchdown PCR,提高引物的特异性。
PCR反应条件:
1 94C 5min
2 94C 45s
3 65C 45s 退火温度视不同引物而定,此处65C仅作例证
4 72C 1min go to step 2; 30 cycle
5 72C 7min
6 4C x min 该步视情况而定,若PCR过夜则x=12h
step4的1min视基因长度而定,Taq DNA polymerase合成效率为2kb/min。
Taq PCR摸索好退火温度和延伸时间等后进行Pfu PCR。Pfu DNA合成效率比Taq酶(2000bp/min)低,因此Pfu
PCR的延伸时间比Taq PCR适当延长20s。
电泳验证后进行Pfu PCR
System(30µl):
10*reaction buffer(for Pfu enzyme) 3µl
dNTP 1.2µl
primers As 0.6µl
Sp 0.6µl
cDNA 0.5µl
ddH2O 23.3µl
Pfu 0.3
做四个30µl体系,以便进行胶回收。
关于PCR更多的问题可以参照附件中有关PCR的综述。
6. 胶回收(使用前检查kit里的Washing buffer是否已加无水乙醇,预开55-65度水浴)
采用上海申能博彩生物技术有限公司的DNA凝胶回收试剂盒,操作步骤如下:
A 紫外灯下切下含有目的DNA的琼脂糖凝胶,计算凝胶重量。
B 每100mg胶加400ul的SN solution,于55-65C加热,间断混合,直至凝胶块完全熔化(约6-8min)。
C 每400ul的SN solution加入100ul的solutionB,混匀。
D 把混合液加入3S柱(DNA收集柱),室温放置2分钟后,10000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的液体。
E 向3S柱中加入600ul Wash solution, 10000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的液体。
F 重复e step
G 10000rpm离心2分钟,尽量取出液体,倒掉收集管中的液体。
H 将3S柱置于干净的1.5ml的EP管中,在3S柱的膜中央加入30ul预热的TE solution,
55-65。C水浴放置2分钟(可在水浴锅中加盖放置,提高洗脱效率),15000rpm离心1分钟。-20。C保存。为了提高洗脱的效率,可先用20ul洗脱,然后再重复用10-20ulTE洗脱。洗脱步骤相同。
胶回收时尽量用较少的TE洗脱(15ul),提高胶回收产物的浓度。或DNA电泳时上样量增加也可获得相同效果。
PS:胶回收产物与载体连接时,决定连接效率的主要是胶回收产物的浓度。载体的含量可相对降低