二硫键是多肽合成中Z经典的方法，并且在早期的研究中取得了较好的结果。采用空气氧化法通常是将巯基处于还原态的多肽溶于水中，在近中性或弱碱性条件下（PH值6.5～10），反应24小时以上。为了降低分子之间二硫键形成的可能，该方法通常需要在低浓度条件下进行。
碘氧化法在多肽合成中应用同样广泛，一般将多肽溶于25%的甲醇水溶液或30%的醋酸水溶液中，逐滴滴加10～15mol/L的碘进行氧化，反应15～40min。当肽链中含有对碘比较敏感的Tyr、Trp、Met和His的残基时，氧化条件要控制的更极ng确，氧化完后，立即加入维生素C或硫代硫酸钠除去过量的碘。
当一条肽链上需要形成两对或两对以上的二硫键时，反应过程就变得相对复杂。在固相合成多肽之前，需要提前设计几对二硫键形成的顺序和方法路线，选择不同的侧链巯基保护基，利用其性质差异，分步氧化形成两对或多对二硫键。通常采用的巯基保护基有trt,Acm,Mmt,tBu,Bzl,Mob,Tmob等多种基团。我们分别列出两种以2-Cl树脂和Rink树脂为载体合成的多肽上多对二硫键形成路线：
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