免疫亲和色谱的一般测定方法是将待测样品通过色谱柱，其中待测抗原以及类似物与固定的抗体结合，其他样品基质由于不与固定相结合而被除去。这样，结合的待测物质被洗脱以后利用在线或非在线的方法直接测定。测定方法一般采用紫外-可见吸收光谱法和荧光光谱法等。与传统的免疫分析相比，该技术具有操作简单、分析快速、精密度高且可以实现自动分析等的优点。但是，采用该方法时需要选择合适的抗体固定方式，也就是说在洗脱待测抗原时应保证固定的抗体不被解离下来。一般来讲，如果用蛋白A或蛋白G作为抗体支持担体，由于抗体与它们之间是通过弱的吸附作用相结合，因此这种固定方式的抗体在待测物洗脱或柱子再生时容易流失。比较好的抗体固定方法是通过共价结合的方式将抗体与支持担体连接，或首先将蛋白A或蛋白G固定化，然后通过交联的方法将抗体共价结合到蛋白A或蛋白G上，另外一种常用方法是将生物素化的抗体与固定的亲和素结合。
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