众所周知，粒细胞是非常脆弱的一群细胞，也是目前很多单细胞RNA测序平台很容易丢失的一类细胞。BD Rhapsody单细胞RNA测序技术，基于微孔原理对单细胞进行分离捕获，没有额外的剪切力、试剂的刺激，对细胞更温和，能够高效的捕获各种类型的细胞，包括在其他平台容易丢失的粒细胞、肝实质细胞等。
今天，小编为大家带来了13篇基于BD Rhapsody平台、针对粒细胞的单细胞RNA测序文章。
Human 中性粒细胞
01
Multimodal Single-Cell Characterization of the Human Granulocyte Lineage（preprint）
样本：人外周血及骨髓
02
Single-cell transcriptome profiling reveals neutrophil heterogeneity in homeostasis and infection （Nature Immunology，IF：20.48）
样本：人外周血
03
A cellular census of human peripheral immune cells identifies novel cell states in lung diseases（Clinical and Translational Medicine，IF：11.5）
样本：人外周血免疫细胞
04
Single-Cell RNA Sequencing Reveals B Cells Are Important Regulators in Fracture Healing （Frontiers in Endocrinology，5.5）
样本：人骨折组织
05
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Peripheral Blood Reveals a Novel B-Cell Subset in Renal Allograft Recipients With Accommodation （Frontiers in Pharmacology，5.8）
Mouse 粒细胞
01
Single-cell RNA sequencing unveils intestinal eosinophil development and specialization，利用BD Rhapsody（Preprint）
样本类型：Mouse外周血、脾脏、胃、小肠、结肠
02
Deletion of Abi3 gene locus exacerbates neuropathological features of Alzheimer’s disease in a mouse model of Aβ amyloidosis （Science Advances， IF：14.14）
组织：Mouse BrianMouse Brian
03
Generation of offspring-producing 3D ovarian organoids derived from female germline stem cells and their application in toxicological detection （Biomaterials， IF：10.3）
样本：Mouse卵巢类器官
04
Dissecting the single-cell transcriptome underlying chronic liver injury （molecular therapy - nucleic acids，IF：8.9）
样本：Mouse肝组织
05
Therapeutic melanoma inhibition by local micelle-mediated cyclic nucleotide repression （Nature Communications，IF：14）
样本：Mouse 黑色素瘤
Rat 粒细胞
01
Sutural fibroblasts exhibit the function of vascular endothelial cells upon mechanical strain （Archives of Biochemistry and Biophysics，IF：4.01）
样本：Rat颧上颌缝合细胞
02
Single-cell profiling reveals distinct immune phenotypes that contribute to ischaemia-reperfusion injury after steatotic liver transplantation （Cell proliferation， IF：5.04）
样本：Rat肝组织
03
Single-Cell Transcriptome Profiling Identifies Phagocytosis-Related Dual-Feature Cells in A Model of Acute Otitis Media in Rats（Frontiers in Immunology， IF：7.6）
样本：Rat急性中耳炎样本
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经典案例解读
单细胞水平描述小鼠嗜酸性粒细胞异质性的文章Single-cell RNA sequencing unveils intestinal eosinophil development and specialization，利用BD Rhapsody单细胞RNA测序技术，助力肠道嗜酸性粒细胞的发育及特征分析。
实验背景
粒细胞是固有免疫系统中很重要的一类细胞，嗜酸性粒细胞在白细胞中的比例最少（约为1%），起源于骨髓，成熟后存储于外周血，之后快速迁移到外周组织。在小鼠和人类健康的胃肠道固有层(LP)，发现了最大数量的常驻组织嗜酸性粒细胞，对肠道免疫、稳态平衡起重要作用。嗜酸性粒细胞在组织中在表型、形态以及功能等方面呈现了显著的多样性。系统性的描述嗜酸性粒细胞亚群的组成对于相关疾病机制研究以及疾病治疗都有非常必要的。
实验方法
样本：IL5-tg Mice来源的外周血、脾脏、胃、小肠、结肠。
单细胞测序：
BD Rhapsody单细胞多组学分析系统
BD Rhapsody单细胞全转录组分析（WTA Reagent Kit, #633801）
BD Rhapsody多样本标签(Mouse SMK，#633793)
流式技术：
流式分析：16 Markers on BD LSR Fortessa
流式分选：BD FACS Aria III（5 Lasers）
实验结果
1
单细胞测序揭示5个嗜酸性粒细胞亚群
去除非干扰细胞后，以Siglecf, Il5ra, Ccr3 and Ep作为嗜酸性粒细胞的key marker，共检测到7796个单细胞。聚类分析揭示了5个主要的嗜酸性粒细胞亚群（图1A-B），其中2个主要来源于骨髓（progenitor和immature eosinophils）,1个亚群主要富集于外周血（circulating eosinophils）。另外2个亚群（basal和active eosinophils）主要分布于外周组织，但不同器官中比例会有变化（图1D）。
图1. 单细胞测序揭示5个嗜酸性粒细胞亚群
2
PD-L1 和CD80 是胃肠嗜酸性粒细胞的
特征Marker
通过流式细胞术，定义了胃肠组织中active嗜酸性粒细胞的表面marker。首先，从各亚群的差异表达基因中，挑取在胃肠组织中表达水平上调的膜表面蛋白基因。发现，Active嗜酸性粒细胞在转录水平（图2A-B）和蛋白水平（图2C）特征性的共表达Cd274（PD-L1）和Cd80。流式分选PD-L1+CD80+嗜酸性粒细胞后，发现与单细胞测序结果一致，验证了active亚群的特征转录本的表达（图2D）。
图2. PD-L1 和CD80的表达定义了肠胃组织中active嗜酸性粒细胞
3
Active嗜酸性粒细胞的组织特征性及
in vitro和in vivo诱导
与basal嗜酸性粒细胞相比，active嗜酸性粒细胞有非常明显的器官特异性的基因特征（图3A）。在结肠中，active嗜酸性粒细胞高表达与胞外基质相互作于的基因如Itgal, Serpinb2, Tgm2 and Thbs1。而小肠active嗜酸性粒细胞则高表达与降低嗜酸性粒细胞活性相关的Cd300lf and Ffar2。从外周血或骨髓获得的嗜酸性粒细胞，在结肠上清的作用下，可以增强PD-L1+和CD80+膜蛋白的表达（图3F-G）。体内实验表明，向CD45.1鼠中转移CD45.2脾（basal）嗜酸性粒细胞，结肠组织中会出现转移的in situ成熟的嗜酸性粒细胞（图3I）。进一步的工作表明，NF-kB信号驱动了active嗜酸性粒细胞的分化。
图3. Active嗜酸性粒细胞的组织特征性及分化机制
4
感染诱导嗜酸性粒细胞组成向active
亚群转移
分析了健康胃肠嗜酸性粒细胞的特征后，作者进一步研究了感染情况下各亚群的特征转录本的表达情况。文中利用了2种常见的胃肠道病原体（图4A）：幽门螺旋杆菌（H. pylori）感染胃，鼠柠檬酸杆菌（C. rod）感染结肠。单细胞测序结果表明，与稳态相比较，感染状态下，并没有出现新的感染相关的亚群（图4B）。但是细胞亚群比例发生了偏移，两种病原体均导致了感染器官active嗜酸性粒细胞比例的增加（图4B-C）。
图4.感染状态下，active嗜酸性粒细胞的变化
Avtive 嗜酸性粒细胞比例的增加，提示相应的抗菌活性增强。所以作者进一步检测了感染状态下的转录本变化。与稳态相比，2种病原体都诱导了多种基因的下调（图5A）。感染状态下，active嗜酸性粒细胞凋亡指数降低（图5B），并诱发了robust抗微生物基因的表达（图5C-D），包括(Camp，Lcn2，Ltf，S100a8 and S100a9 产物异聚体及Lyz2 )，同时上调编码毒性颗粒蛋白的基因如（Prg2, Epx, Ear1, Ear2, Ear6）。
在DSS诱导的另一种炎症性肠病中，也发现了相类似的结果。DSS诱导产生了PD-L1+CD80+嗜酸性粒细胞比例的异常增加，然而在嗜酸性粒细胞缺失小鼠中，则产生了增强的结肠炎严重程度。最后，在Human肠道固有层，验证了与鼠active嗜酸性粒细胞相当的MBP+PD-L1+的嗜酸性粒细胞亚群。
图5. 感染状态下，active嗜酸性粒细胞转录本表达特征
单细胞多组学平台
BD Rhapsody™
BD Rhapsody™ 单细胞多组学分析系统能够对成千上万个单细胞的蛋白与基因进行数字定量，提供灵活的定制化Panel及标准化应用方案，以满足不同的实验需求，其独特的混样技术可有效节约时间与成本。
系统组成包括：
BD Rhapsody™ 扫描仪
BD Rhapsody™ 上样台
BD Rhapsody™ cartridge（微孔板）
分子标签试剂和文库制备
全转录组检测试剂盒/靶向RNA检测试剂盒/定制试剂盒
Abseq蛋白检测试剂盒
多样本混样检测试剂盒
VDJ检测试剂盒
单细胞测序数据分析软件BD SeqGeq
吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化。其中，多组学平台包含高通量测序平台和蛋白质组学平台：
·高通量测序平台分为常规测序服务和单细胞测序服务：单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞TCR/BCR、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务；常规测序服务提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修饰测序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修饰测序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻译组测序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全转录组测序（两文库/三文库）、外泌体miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服务；
·蛋白质组学平台拥有多台timsTOF Pro、Exploris 480高精度质谱仪，专业领先的Spectronaut Plusar、Mascot等分析软件，提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组等检测服务，强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务，系统的生物标志物、分子分型、药物靶点、基因功能研究等解决方案，真正让广大研究型医生的科研工作更省心、更省力、更高效。
1.实验技术干货
2.蛋白质组学研究
3.腺病毒简介及应用
4.临床基础研究思路解析
5.组织特异性腺相关病毒
6.单细胞测序
7.慢病毒实验操作指南
8.悬浮细胞专用病毒
9.靶点设计/数据库教程
10.测序技术研究与应用
11.非编码RNA研究技术与应用
12.腺相关病毒选择/应用
13.表观遗传研究
14.文章解析
15.国自然课题设计思路解析
16.生物信息分析及工具
17.外泌体研究
18.肿瘤免疫研究
19.高分文章
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