免疫系统由多种细胞类型组成，这些细胞类型协同工作，通过感知适当应对外来环境的变化，以监测和维持机体健康。如果免疫系统及其细胞的功能受到扰动，就会出现传染病、自身免疫性疾病和癌症等疾病。过去几十年中，通过细胞功能、细胞分化潜力和标记蛋白表达的分析，免疫学研究积累了丰富的细胞分类学和细胞命运分化图谱的知识，然而，到目前为止还缺少完整的免疫细胞参考图。单细胞测序技术为这一努力提供了一个重要的新工具，为科研人员深入研究免疫系统及在单细胞水平评估免疫细胞反应提供了一种新的视野，将更好揭示疾病发生过程中免疫反应的产生及分子机制提供了研究思路；随着单细胞测序技术应用的深入，将有助于解决免疫学中的一些基本问题：从免疫细胞分类、免疫组织结构、免疫细胞发育、免疫细胞命运和起源分化，到免疫识别、免疫应答、免疫调控和免疫平衡及其内在的分子机制。
BD Rhapsody 单细胞测序平台在免疫研究方面也有非常多的成功案例，由于BD Rhapsody的单细胞捕获是通过自然沉降的方式，对细胞的损伤是比较小的，所以对一些细胞活率不是很高的样本，特别是一些比较脆弱的细胞比如：肝实质细胞，粒细胞等的捕获确实是具有自己独特的优势。
下面小编就给大家分享一些BD Rhapsody单细胞平台在免疫学方面的研究。
案例一
单细胞测序揭示不同的滑膜组织巨噬细胞亚群调节类风湿性关节炎的炎症和缓解情况
研究目的：利用scRNA-seq探究类风湿性关节炎（RA）无药缓解的免疫调节机制
样本信息：17名RA患者（5名治疗无效的RA，6名治疗耐药的RA，6名临床和超声持续缓解的RA）和4名至少有一个活动膝关节的UPA55患者
测序策略：BD Rhapsody平台，单细胞测序（scRNA-seq）
捕获细胞数：32,000个，巨噬细胞
结论：确定了早期/活动性RA、治疗难治性/活动性RA和持续缓解的RA患者的表型变化；揭示了两个滑膜组织巨噬细胞（STM）亚群(MerTKTREM2 和 MerTKLYVE1)具有独特的缓解转录组特征，富含炎症的负面调节因子，对MerTK STM亚群的治疗调控可能是一种潜在的RA治疗策略。
案例二
单细胞转录组分析揭示了中性粒细胞在稳态和感染中的异质性
研究目的：利用单细胞测序完整的描述中性粒细胞异质性和分化情况
样本信息：人和小鼠外周血
测序策略：BD Rhapsody平台，单细胞测序（scRNA-seq）
捕获细胞数：25,000个，中性粒细胞
结论：提供了中性粒细胞在其稳定状态和细菌感染期间的成熟、功能和命运决定的全面转录图；由不同的分子特征定义了八个中性粒细胞种群，三个成熟的外周血中性粒细胞亚群产生于不同的成熟的骨髓中性粒细胞亚群；细菌感染重新规划了中性粒细胞种群的遗传结构，改变了亚种群之间的动态过渡，并使中性粒细胞在不影响整体异质性的情况下增强了功能。
案例三
双歧杆菌介导的生命早期的免疫系统印记
研究目的：探索双歧杆菌代谢物和肠道细胞因子对T细胞的直接影响
样本信息：CD4+T细胞
测序策略：BD Rhapsody平台；单细胞测序（scRNA-seq），单细胞蛋白组（Ab-seq）
捕获细胞数：NA（文章未提供）
结论：缺乏双歧杆菌和其利用母乳低聚糖所需的基因与生命早期的系统性炎症和免疫失衡有关；婴儿补充双歧杆菌EVC001有希望通过上调免疫调节因子galectin-1来减少肠道中的Th2和Th17细胞因子来缓解这种系统炎症和免疫失衡。
案例四
小鼠乳腺癌的抗肿瘤免疫
研究目的：探索临床PI3Kα特异性抑制剂CYH33对肿瘤微环境（TME）的调节作用
样本信息：四个肿瘤组织，vehicle或CYH33治疗的Balb/c小鼠的肿瘤组织，以及vehicle或CYH33治疗的裸鼠的肿瘤组织
测序策略：BD Rhapsody平台；单细胞测序（scRNA-seq）
捕获细胞数：34 474个；免疫细胞，肿瘤细胞
结论：CYH33增强了CD8T和CD4T细胞的浸润和激活，同时减弱了M2类巨噬细胞和调节性CD4T细胞。记忆性T细胞的增加被CYH33治疗的长期免疫记忆的诱导所证实。从机制上讲，CYH33通过巨噬细胞优先极化为M1表型，缓解了CD8T细胞的抑制性扩张。
案例五
单细胞（蛋白质+RNA）测序发现调节性T细胞的最新激活标志物
研究目的：利用scRNA-seq和单细胞蛋白组（Ab-seq）探索人类免疫细胞群的异质性并确定功能性T细胞分化的轨迹
样本信息：PBMC和十二指肠活检组织
测序策略：BD Rhapsody平台；单细胞测序（scRNA-seq），单细胞蛋白组（Ab-seq）
捕获细胞数：43,656个从PBMC中分离出来的初级CD4 T细胞；31,907个从PBMC和匹配的十二指肠活检中分离出来的CD45细胞
结论：提供了人类初级CD4 T细胞的高分辨率图谱，并确定了血液和组织中Th1、Th17和调节性T细胞（Treg）分化的精确轨迹；确定了B7分子CD80和CD86在CD4 Tregs表面的表达，进一步证明B7的表达有可能识别循环中最近激活的T细胞。
更多BD Rhapsody平台—免疫领域研究文章
向上滑动阅览
1. A rule-based data-informed cellular consensus map of the human mononuclear phagocyte cell space
期刊：bioRxiv
研究方向：单核吞噬细胞系统
2. Simultaneous mRNA and protein quantification at the single-cell level delineates trajectories of CD4+ T-cell differentiation
期刊：BioRxiv
研究方向：CD4 T细胞 细胞分化
3. Single cell multiomic analysis of T cell exhaustion in vitro
期刊：BioRxiv
研究方向：T细胞耗竭
4. A novel antibody targeting lCOS increases intratumoural cytotoxic to regulatory T cell ratio and induces tumour regression
期刊：BioRxiv
研究方向：抗肿瘤免疫反应
5. High-Throughput and High-Dimensional Single Cell Analysis of 1 Antigen-Specific CD8+ T cells
期刊：bioRxiv preprint
研究方向：CD8 T细胞
6. Modeling human adaptive immune responses with tonsil organoids
期刊：Nature Medicine
研究方向：人扁桃体
7. Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis
期刊：Nat. Med.
研究方向：巨噬细胞
8. Bifidobacteria-mediated immune system imprinting early in life
期刊：Cell immunology
研究方向：微生物与免疫调节（双歧杆菌）
9. Single-cell transcriptome profiling reveals neutrophil heterogeneity in homeostasis and infection
期刊：Nature Immunology
研究方向：中性粒细胞
10. Novel Simultaneous Single Cell mRNA and Protein Expression Profiling ldentifies Distinct Treg and T Effector Signatures in the Bone Marrow of MDS Patients
期刊：Blood
研究方向：调节性T细胞
11. PI3Kα inhibitor CYH33 triggers antitumor immunity in murine breast cancer by activating CD8+T cells and promoting fatty acid metabolism
期刊：Journal for ImmunoTherapy of Cancer
研究方向：抗肿瘤免疫反应
12. Discovery of CD80 and CD86 as recent activation markers on regulatory T cells by protein-RNA single-cell analysis
期刊：Genome Medicine
研究方向：调节性T细胞标志物
13. Single Cell Transcriptomic Analysis Reveals Key Immune Cell Phenotypes in the lung of Asthma Exacerbation
期刊：Journal of Allergy and Clinical Immunology
研究方向：哮喘患者肺部免疫细胞表型
14. Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation
期刊：JOURNAL OF ALLERGY AND CLINICAL IMMUNOLOGY
研究方向：哮喘患者肺部免疫细胞表型
15. Interferon-Gamma–Producing CD8+ Tissue Resident Memory T Cells Are a Targetable Hallmark of Immune Checkpoint Inhibitor–Colitis
期刊：Gastroenterology
研究方向：结肠炎免疫疗法
16. An Antibody Targeting ICOS Increases Intratumoral Cytotoxic to Regulatory T-cell Ratio and Induces Tumor Regression
期刊：Cancer Immunol Res
研究方向：靶向ICOS抗体
17. Microglial A20 Protects the Brain from CD8 T-Cell- Mediated Immunopathology
期刊：Cell reports
研究方向：CD8 T 细胞
18. cDC1 Dependent Accumulation of Memory T Cells Is Required for Chronic Autoimmune Inflammation in Murine Testis
期刊：frontiers in immunology
研究方向：自身免疫炎症（睾丸慢性自身免疫性睾丸炎）
19. Association of Premature Immune Aging and Cytomegalovirus After Solid Organ Transplant
期刊：Frontiers in Immunology
研究方向：巨细胞病毒
20. Chronic Immune Activation in Systemic Lupus Erythematosus and the Autoimmune PTPN22 Trp620 Risk Allele Drive the Expansion of FOXP3+ Regulatory T Cells and PD-1 Expression
期刊：Front Immunol
研究方向：系统性红斑狼疮
21. CD70 expression determines the therapeutic efficacy of expanded human regulatory T cells
期刊：Commun Biol
研究方向：调节性T细胞
讲座预告
神经脑组织类样本难处理？吉凯专业的单细胞团队，拥有丰富的样本处理经验，助力单细胞测序特殊样本研究！4月26日下午2点，吉凯基因为大家带来一场线上直播，分享神经脑组织样本处理经验，探索单细胞测序在神经脑组织中应用思路！可
吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化。其中，多组学平台包含高通量测序平台和蛋白质组学平台：
·高通量测序平台分为常规测序服务和单细胞测序服务：单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞TCR/BCR、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务；常规测序服务提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修饰测序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修饰测序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻译组测序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全转录组测序（两文库/三文库）、外泌体miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服务；
·蛋白质组学平台拥有多台timsTOF Pro、Exploris 480高精度质谱仪，专业领先的Spectronaut Plusar、Mascot等分析软件，提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组、olink蛋白质组等检测服务，强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务，系统的生物标志物、分子分型、药物靶点、基因功能研究等解决方案，真正让广大研究型医生的科研工作更省心、更省力、更高效。
1.实验技术干货
2.蛋白质组学研究
3.腺病毒简介及应用
4.临床基础研究思路解析
5.组织特异性腺相关病毒
6.单细胞测序
7.慢病毒实验操作指南
8.悬浮细胞专用病毒
9.靶点设计/数据库教程
10.测序技术研究与应用
11.非编码RNA研究技术与应用
12.腺相关病毒选择/应用
13.表观遗传研究
14.文章解析
15.国自然课题设计思路解析
16.生物信息分析及工具
17.外泌体研究
18.肿瘤免疫研究
19.高分文章
20.吉凯病毒神经方向应用案例
首页
