高分辨率高解析度
高细胞
通量
多组学信息
的联合呈现
单细胞测序技术凭借其高分辨率、高解析度、高细胞通量及多组学信息的联合呈现，而被广大科研工作者所认可。概括的来说，单细胞测序技术实际上是由两大块组成：前端单细胞分离及单细胞转录本等信息标签的引入，后端则由二代或三代测序技术衔接，利用主流的高通量测序技术来实现单个细胞多组学信息的读取。
单细胞测序技术——前端
前端单细胞分离：目前常用的方法有微孔自然沉降分离（BD Rhapsody）和微流控油包水分离，且均已达到高细胞通量。且随着技术的发展，样本通量也大幅增加，如BD Rhapsody多样本标签（混样试剂），在单细胞样本制备阶段被引入，使得单次实验单个通道就可以同时做2-12个样本，每个样本的实验成本大大下降，并增加了单细胞测序实验设计的适应性和可塑性。
单细胞测序技术——后端
与此同时，后端测序平台的拓宽也意味着实验者将拥有更多、更灵活的选择。为了更好的服务广大客户，基于BD单细胞文库结构及测序策略优化，BD与客户合作在MGI平台上完成了此次测序参数调整的测试，以便给有需要老师们提供一些参考。
表一. BD Rhapsody单细胞平台应用文库
文库类型
R1最短测序长度建议（bp）
R2最短测序长度建议(bp)
测序策略
WTA
7575
PE75/PE100/PE150
TTA
7575
PE75/PE100/PE150
Abseq
7575
PE75/PE100/PE150
SMK
7575
PE75/PE100/PE150
TCR
85
150
PE150/PE250
BCR
85
150
PE150/PE250
测试方案
01
样本数量及样本类型：
冻存PBMC样本1例；
02
实验设计：
将一张芯片捕获的单细胞文库平行在MGI 2000：1.4.0.203和illumina Nova-seq平台上测序，测相同的数据量，随后平行对比分析；
03
illumina 文库转MGI文库所使用的接头转换试剂盒：
通用文库转换试剂盒（APP-A），1000004155,V1.0。
测试结果
1
细胞悬液质量，如下图；
2
细胞捕获数量如下图，从Scanner质控结果来看，最终捕获细胞数量为5888个；
3
文库质量，文库浓度16.4ng/uL，峰图分布如下。从该结果来看文库合格，主峰明显，无杂峰；
4
主要分析结果，相关参数情况如下图一。从该结果来看，在相近数据量的前提下，MGI平台测序的细胞数量，基因数量都基本与illumina的一致（UMI及基因数量的变化值为1%-8%，2%-10%）。
图一
5
从后期细胞降维聚类的结果来看，MGI数据和illumina数据能够很好的重叠，各细胞群的细胞数量及比例都基本一致，如图二和图三：
图二
图三
图四：两个平台的测序数据中，各细胞亚群的比例一致性高。
总结
在本次合作测试中，从数据的产出，捕获细胞数量，捕获分子数量，基因数量及后期的细胞分群和比例等结果来看，MGI 2000平台产出的数据质量能够很好的呈现BD单细胞文库性能，与illumina平台的结果一致性很高。客户可根据自己的需求来选择相应的测序平台及适合的测序策略（PE150转换成PE100，测序数据量减少了30%）。
本次测试主要从以下几个方面进行了调整：
1
测序读长，从之前的 PE150 调整为 PE100；
2
Phix 平衡文库从25%调整到5%-10%；
3
MGI 2000测序软件由之前的1.3版本升级到1.4以后版本；
未来客户也可以参考以上参数进行后期测序。如有问题可以联系当地BD单细胞应用技术支持。
单细胞多组学平台
BD Rhapsody™
BD Rhapsody™ 单细胞多组学分析系统能够对成千上万个单细胞的蛋白与基因进行数字定量，提供灵活的定制化Panel及标准化应用方案，以满足不同的实验需求，其独特的混样技术可有效节约时间与成本。
系统组成包括：
BD Rhapsody™ 扫描仪
BD Rhapsody™ 上样台
BD Rhapsody™ cartridge（微孔板）
分子标签试剂和文库制备
全转录组检测试剂盒/靶向RNA检测试剂盒/定制试剂盒
Abseq蛋白检测试剂盒
多样本混样检测试剂盒
VDJ检测试剂盒
单细胞测序数据分析软件BD SeqGeq
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