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BD Rhapsody助力肿瘤抗体药开发——具有特异性持久记忆效应

吉凯基因
2022.11.09

单细胞测序技术在肿瘤抗体药研究中起到越来越重要的角色,今天小编为大家分享一篇发表在PNAS(IF=11.205)上题为CCR8-targeted specific depletion of clonally expanded Treg cells in tumor tissues evokes potent tumor immunity with long-lasting memory的文章,揭示了相关肿瘤特异Treg细胞的靶点CCR8,并给药验证且发现具有特异性的长期记忆效应。

background

背景介绍

Foxp3调节性T细胞(Treg)参与维持免疫自我耐受和内稳态的过程,但在肿瘤组织中的大量存在会阻碍患者的抗肿瘤免疫反应,选择性清除多克隆肿瘤Treg将激发有效的肿瘤免疫。但肿瘤浸润Tregs的很多细胞表面标志物,也普遍表达在激活的传统T细胞(Tconv)中,让科研人员难以针对肿瘤反应性Treg精准治疗。为了建立更安全有效的靶向Treg的癌症免疫疗法,需要进一步挖掘其独特分子标志物,区别于肿瘤反应性效应Tconvs和natural Treg(nTreg)。

experimental methods

实验方法

样本:

人源:肿瘤组织来自于肾癌、鳞状非小细胞肺癌、结直肠癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌或黑色素瘤患者中外科切除。外周血来自肾癌患者或健康供体;

小鼠:植入CT26.WT结肠癌、Renca肾癌或EMT6 乳腺癌细胞系。

单细胞测序:

BD Rhapsody靶向转录组试剂盒(T Cell Expression Panel Hs,633751)

流式技术:

BD FACSCantoII、FACSAriaII、FACSAriaSORP、FACSAriaIII

experimental conclusion 

实验结论

1

小鼠的克隆扩增肿瘤Treg特异性标记物的鉴定

作者为了寻找在肿瘤组织中克隆扩增Tregs特异性表达分子,而不是肿瘤浸润Tconvs或nTregs特异性表达,利用流式、单细胞测序(小鼠模型)、Bulk测序技术,分析发现只有CCR8共同表达在小鼠多克隆肿瘤Tregs和人肿瘤Tregs中。在流式水平上(图1C),CT26肿瘤中表达CCR8的Foxp3+细胞占比很高,肿瘤引流区淋巴结(DLN)和远端淋巴结(LN)中很低,只有少数Foxp3-CD4+ Tconvs在肿瘤组织和LNs中表达CCR8分子。

与CCR8- Tregs相比,肿瘤CCR8+ Tregs绝大部分Treg功能相关分子的表达更高,似乎是更活跃和终端分化的(S3A)。

2

人肿瘤浸润Treg细胞中CCR8的表达

接下来,作者通过BD Rhapsody靶向转录组单细胞测序比较了肾癌、肺癌、结直肠癌、卵巢癌、膀胱癌等患者肿瘤组织与健康供者外周血中的CD3+ T细胞,分析了CCR8在人肿瘤浸润T细胞中的表达。发现肿瘤Treg主要表达CCR8,而肿瘤Tconvs和健康供者外周血中的nTreg几乎不表达该分子(图2A、2B、S4A、S4D),这些CCR8+ 肿瘤Treg在流式蛋白水平上高度表达Treg相关分子(图S4C)。

流式分析同样显示,在肾癌(图2E)、胃癌(~ 40%)、膀胱癌(~ 80%)、黑色素瘤和结直肠癌(图S6A)中,CCR8由~80%的肿瘤FOXP3+CD4+ T细胞表达。除结直肠癌外,肿瘤FOXP3-CD4+和CD8+ Tconvs在这些癌症中几乎不表达该分子。

为了确定CCR8+ Treg是否在人类肿瘤中克隆扩增,作者分析了乳腺癌、肺癌、子宫内膜、结直肠和肾癌的浸润T细胞的TCR测序和scRNA-seq的公开数据,与CD8+或CD4+ Tconvs相比,Treg中CCR8+细胞的频率确实更高(图S7A、C、D),CCR8表达在克隆扩增的Treg中显著上调(图S7B、F)。

3

通过消耗小鼠CCR8+ Treg来根除肿瘤

作者在小鼠皮下接种癌细胞系后一段时间,静脉注射抗CCR8单抗,发现超过½小鼠的肿瘤完全缓解(图3A)。并进一步实验确认了该抗肿瘤作用是由于CCR8+ Treg的缺失,作者修饰了CCR8抗体的Fc段,使其不具备ADCC活性,发现不能消除肿瘤,而未被修饰Fc段的CCR8抗体,可以消除肿瘤Treg细胞,说明CCR8抗体通过ADCC作用消除了CCR8+ Treg细胞 (图3B-D) 。

基于抗PD-1疗法在肿瘤治疗中的重要性,作者比较了抗CCR8和抗PD-1的效果,将CT26肿瘤细胞系植入小鼠中,发现~90%肿瘤浸润Foxp3+细胞为PD-1+,其中约60%表达CCR8,而约60%的肿瘤CD4+或CD8+ Tconvs为PD-1+(图3E),抗CCR8和抗PD-1联合效果最能抑制肿瘤生长(图3F)。

4

CCR8+ Treg缺失不产生有害的自身免疫

为了确定CCR8+ Treg的缺失是否会引发自身免疫炎症,作者对整个Treg系统性缺失或受抗CCR8依赖性Treg缺失的小鼠进行了研究。分别用人白喉毒素(DT)和抗CCR8让小鼠肿瘤Treg细胞缺失(图4A-B),发现在DT处理组中,小鼠脾脏肿大(图4C)、自身免疫标记高滴度(图4D)、组织被破坏(图4 E),而抗CCR8治疗方式中,未出现明显破坏(图4C-E)。作者还发现CCR8+细胞缺失减少了肿瘤Treg的主导TCR克隆型。

5

CCR8+ Treg缺失产生肿瘤特异性持久T细胞记忆

实验表明,在接种CT26肿瘤细胞系后的~第20天,抗CCR8治疗的小鼠已经完全缓解,在第85天用10倍数量的CT26癌细胞向小鼠发起挑战,另一组接种CT26的小鼠在第20天接受手术切除生长的肿瘤,并同样接受CT26癌细胞的挑战(图7A)。惊喜地发现在CCR8治疗组,CT26肿瘤被迅速摧毁(图7C),即使在原发性CT26肿瘤接种后延长了约187天,也得到了类似的结果,这表明该治疗方式能产生持久记忆。

文章小结

作者联合单细胞测序和流式技术,揭示了CCR8是人和小鼠中上述肿瘤特异Treg的分子marker,通过抗体药实现了肿瘤CCR8+ Treg细胞缺失,不会引发有害的自身免疫,重要的是具有肿瘤特异的长期记忆效应,这为临床治疗提供了非常重要的重要依据。

BD Rhapsody

单细胞多组学平台

BD Rhapsody™

BD Rhapsody™ 单细胞多组学分析系统能够对成千上万个单细胞的蛋白与基因进行数字定量,提供灵活的定制化Panel及标准化应用方案,以满足不同的实验需求,其独特的混样技术可有效节约时间与成本。

系统组成包括:

BD Rhapsody™ 扫描仪

BD Rhapsody™ 上样台

BD Rhapsody™ cartridge(微孔板)

分子标签试剂和文库制备

全转录组检测试剂盒/靶向RNA检测试剂盒/定制试剂盒

Abseq蛋白检测试剂盒

多样本混样检测试剂盒

VDJ检测试剂盒

单细胞测序数据分析软件BD SeqGeq

1.实验技术干货

2.蛋白质组学研究

3.腺病毒简介及应用

4.临床基础研究思路解析    

5.组织特异性腺相关病毒

6.单细胞测序    

7.慢病毒实验操作指南

8.悬浮细胞专用病毒

9.靶点设计/数据库教程

10.测序技术研究与应用

11.非编码RNA研究技术与应用

12.腺相关病毒选择/应用    

13.表观遗传研究

14.文章解析

15.国自然课题设计思路解析

16.生物信息分析及工具      

17.外泌体研究    

18.肿瘤免疫研究

19.高分文章  

20.吉凯病毒神经方向应用案例 

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