离子对色谱法是将一种(或多种)与溶质分子电荷相反的离子(称为对离子或反离子)加到流动相或固定相中，使其与溶质离子结合形成疏水型离子对化合物，从而控制溶质离子的保留行为。其原理可用下式表示：
X+水相+Y-水相===X+Y-有机相
式中：X+水相--流动相中待分离的有机离子（也可是阳离子）；
Y-水相--流动相中带相反电荷的离子对（如氢氧化四丁基铵、氢氧化十六烷基三甲铵等）；
X+Y---形成的离子对化合物。
当达平衡时：
KXY=[X+Y-]有机相/[X+]水相[Y-]水相
根据定义，分配系数为：
DX=[X+Y-]有机相/[X+]水相=KXY[Y-]水相
[讨论：DX与保留值的关系]
离子对色谱法(特别是反相)发解决了以往难以分离的混合物的分离问题，诸如酸、碱和离子、非离子混合物，特别是一些生化试样如核酸、核苷、生物碱以及药物等分离。
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