Apert综合征注意与下列疾病鉴别：
1、Carpenter综合征(尖头多指并指畸形Ⅱ型，acrocephalopolysyndactylyⅡ，ACPSⅡ) 颅骨骨缝早闭使呈尖头畸形，但相当部分病例为单侧骨缝早闭，导致形成不对称的尖头，并指(趾)为指(趾)间软组织粘连成蹼，非骨性融合，常累及第3、4指(趾)，并可伴有多指(趾)畸形。本病为常染色体隐性遗传。
2、Saethre-Chotzen综合征(尖头并指综合征Ⅲ型，acrocephalosyndactylyⅢ，ACSⅢ) 短尖头，但常为单侧骨缝受累而呈斜头畸形。并指(趾)亦呈软组织蹼，并指常发生于第2、3或第2、3、4指间，并趾常发生于第2、3或第4、5趾间。本病为常染色体显性遗传，外显率较高。
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