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春眠不觉晓,WB 知多少(二)

GE生命科学
2019.4.26


WB 答疑 ● 续

上一篇,小编详述了 WB  实验流程 样品制备-凝胶电泳-转印 中常见的问题,今天继续和大家一起讨论 抗体孵育-检测分析 的一些难点。



抗体孵育


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在孵育抗体之前,如何确认转膜效率?


根据检测方法不同:

1.使用 QuickStain 试剂盒的 Cy5 染料预染全蛋白,转印后采用 Typhoon 进行荧光成像检测;

2.使用预染或荧光分子量 Marker 观察;

3.在转膜后,对凝胶染色,或用丽春红对膜进行可逆染色。


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封闭试剂就脱脂奶粉或 BSA?


封闭液不是你想用,想用就能用。比如检测磷酸化蛋白,建议使用 BSA 代替脱脂奶粉作为封闭试剂,因为牛奶中含有酪蛋白,因此具有磷酸化表位,同时避免使用含有磷酸盐的缓冲液(如 PBS)。类似地,脱脂奶粉中含有生物素和糖蛋白,当使用 Biotin/Streptavidin 检测系统(生物素化二抗,三级信号放大)或使用 Con A 偶联抗体时,不适合用来封闭。


Cy3 荧光检测时,建议使用 Tween-20,其它去污剂可能会干扰检测,且检测前仍然需要加一次 PBS 清洗步骤。封闭液推荐使用 5% BSA,最好的方法是选择低背景的 Amersham ECL Prime 封闭试剂(货号:RPN418)。


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GE 有 CyDye 染料预标记的二抗吗?还是需要购买试剂盒自己偶联?


哥家给客户准备了 CyDye 染料预标记的二抗,包括山羊抗鼠或兔的二抗,分别为 Cy3 或 Cy5 标记。如果仅检测两种目标蛋白,如磷酸化和非磷酸化、一个目的蛋白和一个内参蛋白,则分别选择不同物种来源的一抗即可;如果需要三种荧光信号同时检测,如两种不同修饰状态加一个内参蛋白,则需要购买 Cy2 荧光染料,单独标记第三种抗体。同样的,也可以不使用内参,选择 QuickStain 试剂盒进行总蛋白标记,采用总蛋白归一化方式进行定量分析。


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图 5. 三通道荧光检测示意图


另外,哥家也有常规 HRP 标记的二抗,用于 ECL 底物显色,促销货号 NA931-1 ML(Amersham ECL HRP 标记羊抗鼠)和 NA934-1 ML(Amersham ECL HRP 标记驴抗兔)。


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如何优化抗体浓度?


常用 Dot blot 斑点杂交。或更可靠的方法是直接电泳转膜后根据泳道切成细长条,可以放在 15 或 50 mL 离心管中孵育抗体从而节省用量。摸索二抗条件时,可以将同种浓度的细长条一起孵育。上述方法还可以用于上样量、封闭剂、一抗种属来源等条件筛选。


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图 6. 转膜后将膜切成细长条并在不同抗体浓度中孵育


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什么是剥离再杂交,如何操作?


同一张膜在曝光后可以在一定条件下将抗体剥离掉,针对膜上结合的蛋白样品使用新的一抗再杂交,从而检测两种以上不同蛋白。


剥离条件包括:去污剂、还原剂,同时进行加热、酸、碱或高盐等条件处理。全程需避免膜干燥,否则蛋白会牢固结合。具体操作方法请点击「查看原文」,WB Principles and Methods。但是,剥离再杂交,可能会造成蛋白不均匀的剥离,尤其是低丰度蛋白,因此,更加推荐使用荧光标记抗体的方法进行多重检测。



检测方法


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灵敏度和线性到底是什么关系?对选择检测方法有影响吗?


灵敏度 Sensitivity,是指能够检测到的最小的蛋白量,受到抗体量、抗体浓度、检测方法和曝光时间等的影响。


一般用两个指标来衡量:

LOD(Limit of detection),某种检测条件下能够「看到」的蛋白量;

LOQ(Limit of quantitation),可以用于准确定量的信号强度,决定于信噪比,通常高于 LOD。


◆ ◆ ◆  ◆ 


线性范围 Linear dynamic range,是指信号强度和蛋白量成正比的区间,从而可以用来定量蛋白。


WB 检测方法,主要有显色剂、放射性同位素、化学发光、化学荧光、荧光等。显色剂法灵敏度低、放射性操作存在安全问题,使用渐少。化学发光和荧光,具有高的灵敏度和宽线性范围而成为主流。


化学发光可以使用 X 光胶片或 CCD 成像。X 光胶片,如哥家 Hyperfilm 高感度底片,通常灵敏度高,没有光损失,可以检测到较低浓度的蛋白,但是因为往往需要较多的曝光时间,容易造成高背景,且线性范围窄。CCD 成像,不需要胶片和暗室曝光,具有较高的检测灵敏度,同时具有宽的线性范围,最常用。


  


新兴且热门的荧光检测可谓中看又中用。荧光检测可以针对分子量相差很小、无法用凝胶分开的蛋白进行同时检测,如蛋白翻译后的磷酸化修饰等;可以将来自不同种属、无交叉反应的2-3种一抗同时与膜孵育(如果一抗需要回收,可以分别孵育),加入二抗后直接成像,CyDye 荧光信号可以保留数月之久;同时检测多个目标蛋白,无需剥离再杂交。但是,一般荧光检测较化学发光的灵敏度稍差,然而,哥家 Typhoon NIR 采用了新一代增强光电倍增管 (PMT) 作为信号检测器,增强了近红外波段的检测灵敏度,PMT 强大的信号放大能力,确保微弱信号可以检测,同时具宽广的线性动态范围。


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图 7. X 光胶片和 CCD 成像仪以及 Amersham Typhoon NIR 检测动态范围对比图


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WB 化学发光检测过程中,需要对蛋白进行定量,如何选择 ECL 发光液?


Amersham ECL Prime 和 Amersham ECL Select 都可以用于用于定量检测蛋白。ECL Prime(促销货号:RPN2232 或 RPN2236)检测灵敏度在 pg 级别,可以满足大部分实验需要,使用高度稀释后的抗体(一抗 1:1000 - 1:50000;二抗 1:50000 - 1:250000);信号稳定性强,最长可以持续 24 小时,可以多次曝光或同时处理大批量样品;结合 Hybond PVDF 高蛋白吸附能力的膜一起使用,效果更佳。ECL Select 具有超高灵敏度,可以达到 10-2 pg 级,即传说中的飞克级别。


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如何鉴定 ECL 发光液是否正常工作? 


在暗室中,准备 1 mL 的 ECL 工作液,加入 1 -3 uL 未稀释的 HRP 标记的二抗并混匀,正常情况下,溶液会出现一道肉眼明显可见的蓝白光。或者,将 2-5 uL 的 1:100 稀释的 HRP 二抗,点到膜上,加入 ECL 工作液,使用 AI680(CCD成像) 或 X 胶片曝光。



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