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定量PCR扫盲贴(二)

德国耶拿生命科学部
2021.7.30


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      上回提到了定量PCR的基础概念和比较常见的异常分析,今天我们来深入讨论一下常见的影响因素及异常曲线形态。


      引起结果曲线异常的原因,总结起来有以下几项:

       1. 耗材

       2. 试剂

       3. 操作

       4. 仪器性能


       具体来讲

       1. 耗材及配件

       1) 有些常见的定量PCR需要使用特定型号的96孔板或者特定体积的PCR八连管,如果使用了非配套的耗材,可能会导致热盖无法压紧、甚至损坏仪器。

       2) 普通PCR管的盖子比较厚,会影响荧光信号采集效率,因此推荐定量PCR专用的PCR八连管

       3) 使用了质量比较差的耗材。某些质量不好的耗材,自身会带有荧光物质,这会影响仪器采集到的信号强度,导致反应孔的自动基线扣除错误,得到不准确的CT值。另外,耗材批次间的稳定性同样也会影响数据的稳定性。

       4) 最后,还要注意96孔板封板膜要严格密封,避免体系蒸发影响扩增。如果扩增曲线为斜直线(如下图),大概率是密封性的原因。

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      2. 试剂

      做定量PCR使用探针法和染料法,以及商品化的master mix,要注意的是试剂不可反复冻融,探针和染料要避光保存,可以通过试剂盒中附带的阳性样品来判断试剂的有效性。如果选择自行设计探针,一定要选择合成稳定性高、标记效率高的服务公司,否则合成的探针可能会存在不稳定现象,在使用过程中发生降解,影响检测效果。下图是探针降解的异常曲线。同样,PCR体系中含有扩增抑制物、模板浓度过高时,也会出现类似斜线型扩增曲线。

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        3. 实验操作

       在加样的时候,移液器枪尖中有液体残留,是导致结果重复性不佳的重要原因之一。冷冻融化试剂使用前是否有混匀,如果没有混匀,这时候取出的试剂不是均一的,也会影响后面的扩增效率的均一性;反应体系里尽量不要有大的气泡,有气泡的话,中间容易形成折射,干扰荧光的采集,在上机前最好要通过离心来去除气泡,并将管壁上的液体集中到管底。还需要注意的是,加样过程中要注意避免污染,如果阴性样品在扩增曲线末尾起跳但是信号较弱,有可能是扩增体系发生污染。

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       4. 仪器

       最后呢,才是考虑仪器性能问题,目前市面上仪器出问题的概率相对比较低。在多方排除后,再考虑是否需要对仪器进行校准或维修。

       值得一提的是,仪器的性能确实会给结果带来一定的影响。比如温控的准确性、均一性、升降温速率以及光源的配置。具体会产生什么影响呢?听小编细细道来。

       众所周知PCR过程就是一个不断变温的过程,在不断的解旋、退火、延伸过程中,酶和引物结合到模板上开启延伸过程。控温做的越准,越快的达到指定温度,酶和引物错配的概率越低,从而保证了扩增的准确性。光源的种类也很重要,我们知道染料的激发波长范围呈正态分布,一般采用的FAM探针最佳激发波长约为498nm,如果采用单一光源进行激发,其波长可能无法有效覆盖、完全激发FAM探针,造成CT值的滞后。

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        影响定量PCR实验结果的因素有很多,大家在遇到异常曲线的时候,要从这四个方面逐个去排查,切记不要单方面认为仪器或试剂有问题。


       在此,向大家介绍一款高性能的荧光定量PCR—qTOWER3G,来源于德国卡尔蔡司的光学部门,凭借优异的温控水平及光学元件,结合纯银镀金的样品槽,真正做到了均一性±0.15℃,准确性±0.1℃,最大升温速率8℃/s,尽可能保证更佳产物的重复性。另外,仪器配置白、红、绿、蓝四色高能LED光源,全可见光谱范围激发,染料激发效率更高,助力检测更低丰度的基因表达。


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