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AOSP-Elite 200/1000 一站式组学和临床质谱前处理工作站助力实验室自动化

氨探生物
2023.7.07

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背景介绍
BACKGROUND

随着生命科学研究的深入,以生命活动的“执行者”——蛋白质为研究内容的蛋白质组学引起了越来越多的关注。细胞、组织、体液等生物样本的蛋白质组学研究对于深入解析细胞、组织或生物体的运行规律,理解疾病发生发展的调控机制至关重要。蛋白质组学提供蛋白质的定性和定量信息,从而洞悉功能变化。一直以来,基于质谱的蛋白质组学研究一直受到检测能力的限制,随着仪器灵敏度的提高,蛋白质组的检测深度有了质的飞跃,但随之而来的是人员操作、加样误差、批次效应等混杂因素对蛋白质检测所造成的干扰,尤其是在大规模临床分析中。


AOSP-Elite 200/1000

为了解决这个问题,氨探生物开发了AOSP-Automatic Omics Sample Preparation(简称AOSP-Elite 200/1000)自动化前处理工作站,用于替换手动移液和复杂操作。AOSP-Elite 200/1000为用户提供了完整、自动化、用户友好的样本前处理选择,配备高精度自动移液、分液震荡、加热孵育、磁珠富集、特殊试剂冷却、触摸屏设计流程化软件编辑和审计追踪等功能,高通量和高精度的移液和分液功能满足临床质谱分析的需求。

AOSP-Elite 200/1000可以应用于蛋白质组学、代谢组学、脂质组学和临床生物标志物检测上。配套多款前处理试剂盒,可单次同时处理96个样本,满足临床组学分析需求实现组学和临床质谱一站式样本前处理。

实验步骤

搭配AOSP多肽快速提取试剂盒,适用于细胞、组织、血浆、尿液、脑脊液等多种样品生物样本,经过蛋白质裂解、还原烷基化、蛋白酶消化、肽段纯化和冻干复溶之后进行质谱检测分析。

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图1. AOSP-Elite 200/1000进行蛋白质组学前处理流程图

应用1:293T细胞蛋白质组

首先,我们将293T细胞样品使用AOSP多肽提取试剂盒和AOSP-Elite 200进行蛋白酶切,同时对比人工操作AOSP 多肽提取试剂盒进行前处理工作,结果表明两种方法都能够鉴定到超过6000个蛋白和70000个肽段。但是使用AOSP-Elite 200进行前处理可以大大提高蛋白质定量的稳定性。

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图2. 对比手工与AOSP-Elite 200对于细胞蛋白质组学的鉴定结果的考察。60min梯度下,(A)手工与(B)自动移液工作站定量肽段和蛋白的数目以及(C)蛋白强度CV

应用2:血浆蛋白质组酶切结果

对于血浆样品,使用Top14 Abundant Protein Depletion resinAOSP多肽提取试剂盒,在AOSP-Elite 200前处理平台去除高丰度蛋白和蛋白酶切。DIA 60min梯度下,定量健康人血浆蛋白数量介于652779之间,蛋白Intensity平均CV20%且相关性良好。

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图3. 健康人血浆蛋白质组酶切结果

应用3:尿液蛋白质组酶切结果

尿液蛋白质组分析主要包括鉴定不同疾病或治疗阶段的尿排泄蛋白和多肽,并确定其数量、功能和相互作用等。我们使用AOSP-Elite 200前处理工作站,搭配AOSP多肽快速提取试剂盒处理了48个尿液样品,结果显示30min DIA定量到超过1500个尿液蛋白,且每个样品蛋白强度均一分布,蛋白强度平均相关性为0.8

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图4. 尿液蛋白质组酶切结果;QE HF-X 30min DIA质谱分析上样1 μg,48例样本的(A)蛋白质响应强度分布排序图 (B)蛋白质响应强度箱体图与(C) 相关性小提琴图








总结

1. AOSP-Elite 200/1000能够大大提高数据质量:搭配经过严格验证的AOSP多肽提取试剂盒,可缩短复杂前处理样品处理的工作时间,提高工作效率及质谱数据质量。

2. 具有触摸屏显示器和友好用户界面:借助AOSP-Elite 200/1000交互式触摸屏显示器,通过屏幕上的图形向导引导完成样品前处理过程中的每一步,并支持深度开发独特的样品前处理方法。

3. 具备良好的检测结果重现性和准确性:自动化和标准化的工作流程用于提高蛋白质组学分析复杂样品前处理过程的重现性和生产力。全面的硬件和软件大大减少了对手动步骤的依赖以及样品前处理过程相关的错误

4. 配备专用耗材,实验开展便捷易上手:以96份的方式提供,直接将试剂盒放置于AOSP-Elite 200/1000上,即可开展相关实验。

参考文献



1. High-throughput, in-depth and estimated absolute quantification of plasma proteome using data-independent acquisition/mass spectrometry ("HIAP-DIA"). Proteomics2021 Mar;21(5):e2000264.

2. Standardization and harmonization of distributed multi-center proteotype analysis supporting precision medicine studies. Nat Commun. 2020 Oct 16;11(1):5248.

3. Microscaled proteogenomic methods for precision oncology. Nat Commun2020 Jan 27;11(1):532.

Untangled Biosciences

解构健康奥秘、探寻生命答案,氨探生物以一流的分子表型组平台和成熟的临床转化应用体系,为优秀的研究团队进行技术和数据赋能,致力于实现分子表型水平的精准诊疗。


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