您知道内源性对照品、外源性对照品和平均表达值有何意义吗?您猜对了,本期TaqTalk将为您解答有关microRNA定量数据归一化方法的问题。
microRNA或miRNA是小的非编码RNA片段,长度大约为22个碱基对,用于调节基因表达。microRNA能够通过Applied Biosystems TaqMan检测进行实时PCR定量分析。在microRNA表达实验中,起始材料的数量、样本收集、RNA制备、RNA质量和反转录效率的变化都可能导致定量误差。因此,在定量分析microRNA时必须使用合适的归一对照品。那么,让我们来了解一下“taq-nical”
qPCR microRNA分析有三种常用的归一法。您可以使用内源性对照品、外源性对照品或平均表达值归一化,也称为全局均值归一化。
内源性对照归一法
目前,使用内源性对照基因的归一化是纠正RNA输入潜在差异或反转录(RT)效率偏差的最准确方法。
理想的内源性对照基因在各种组织、细胞类型和治疗方法中,具有相对一致和适度丰富的表达。表达一致的microRNA可以用作内源性对照品。已证实部分microRNA在许多不同的组织类型中以相对恒定的水平进行表达,它们可能与内源性对照品一样适用于分析。但请注意,任何单一对照品均不能作为适用于所有实验条件的通用对照品。因此,我们建议,针对每种细胞类型、组织或治疗方法,验证两个或更多microRNA作为内源性对照品。
外源性对照归一法
外源性对照品或加标对照品是合成的microRNA,将其添加到样本中以监测复杂样本的提取效率或样本输入,如血浆、血清和其他生物流体。加标对照品应为一个靶序列,不存在于样本中。例如,人类中未检测到ath-miR159A,因此ath-miR159A是人类样本的良好外源性对照品。
全局均值归一法
大规模的microRNA表达谱研究可以使用全局均值归一化,使用指定样本中所有microRNA的计算均值作为归一标准值。
最后,让我们快速回顾一下这三种不同的归一法:使用外源性对照品,使用内源性对照品和平均表达值归一化。在使用qPCR分析microRNA时,您可以利用这些归一法控制实验过程的某些方面。
Applied Biosystems™具备超20年的qPCR检测产品研发制造经验,针对qPCR多元而广泛的应用,Applied Biosystems™ TaqMan™ Assay产品线可提供超2100万种预设计检测,覆盖基因表达、基因分型、拷贝数研究、miRNA研究、突变检测、蛋白分析等多种应用。所有TaqMan Assay均基于最新转录组与基因组信息,可提供低至单拷贝的灵敏度和更好特异性。
TaqMan Assay产品包括靶标特异性引物和一个或多个探针,使用通用的反应程序,保障最优的扩增效率和检测表现
Applied Biosystems提供多种TaqMan miRNA Assay
点击查看大图进行扫码
Applied Biosystems TaqMan实时荧光定量PCR检测试剂盒
点击查看大图进行扫码
Applied Biosystem qPCR系列预混液产品助力miRNA检测
点击查看大图进行扫码
请关注赛默飞基因科学视频号,观看更多TaqTalk课程视频