研究背景
表观基因组特征的测量，如开放染色质区和组蛋白修饰，是对维持细胞转录状态重要的基因组调控元件的有用指标。这包括增强子，非编码顺式调节元件，被多个转录因子(Tfs)结合，通过与基因启动子直接关联来控制细胞类型特异性基因的表达。对增强子的深入分析已经开始阐明细胞型特异性基因表达的机制，包括转录因子结合和染色质在组织分化过程中的动态变化，以及它们对疾病的病因和进展的贡献。已经报告，增强子的大小呈现不对称分布，不同的单个元素簇定义了超级增强子(SE)的子集。所有的细胞类型都显示增强子大小的不对称模式，与SEs.结构域相关的增强子相关因子的40%是使用秩排序算法定义的，该算法通过增强子结合因子或相关组蛋白标记在聚类峰区域内读取密度。当排序时，SE被发现为聚集区域的少数(典型的情况下)。3%-5%)发现不对称地大于大多数“典型”区域。SE富含与疾病相关的SNP，包括那些易患癌症的SNP。在干细胞中维持谱系的表达-确定转录程序；是癌症中的焦点放大和体细胞改变的位点，并强制表达先前未被识别的肿瘤依赖性。SE的识别也可以用来定义特定细胞类型的TF核心调节回路(CRC)。这些核心TFs通过自身基因位点内向内结合的方式自我调节，同时通过SE结合调节一组协调的TFs，共同形成一个相互关联的自动调节回路。在胚胎干细胞(ESCs)中存在着公认的CRC，其中ESC身份所必需的核心TFs-OCT 4、SOX 2和NANOG-通过SES相互调节。在髓母细胞瘤等肿瘤中识别CRCs可以揭示与起源细胞有关的线索以及致癌状态的基因调控驱动因素。虽然直接用治疗剂来靶向TFs仍然是一个挑战，但对直接针对增强子相关因子的药物非常敏感，为靶向癌细胞CRCs提供了一种潜在的药理学手段。
本研究摘要及结果
文章：
Enhancer Architecture and Essential Core Regulatory Circuitry of Chronic Lymphocytic Leukemia，Cancer Cell 34, 982–995, December 10, 2018
作者单位：
1、Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Harvard Medical School, 450 Brookline Avenue, Boston, MA 02115, USA2、Massachusetts General Hospital Cancer Center, Harvard Medical School, 149 13th St. Charlestown, Boston, MA 02129, USA3、Department of Medicine, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA4、Broad Institute of MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142, USA5、Altius Institute for Biomedical Sciences, Seattle, WA 98121, USA6、Medical School, Xiamen University, Xiamen 361102, China7、Novartis Institutes for Biomedical Research, 250 Massachusetts Avenue, Cambridge, MA 02139, USA
摘要
通过整合H3K27乙酰化的染色质可及性和富集措施，我们获得了慢性淋巴细胞白血病(CLL)标本和有代表性细胞株的调控。通过对调控环路的超级增强子模型和转录因子依赖性的评估，我们发现关键的超级增强子因子PAX 5支配着CLL调节节点，是CLL细胞生存所必需的。BET溴域抑制靶向增强子信号干扰超增强子依赖基因的表达，对CLL核心调节回路具有选择性作用，具有强大的抗肿瘤活性。
Wes全自动定量Western blot 结果
为了了解BETi在CLL细胞中的转录效应，作者用BETiJQ 1prototype处理了4个细胞系6小时，并获取mRNA进行了完整的定量转录研究。在每种细胞系(MEC1，MEC2，OSU-CLL，Cll)中，与典型增强子(TES)相关的基因相比，JQ 1处理导致SE驱动基因表达显著下降。这包括在CRC中选择性地减少TF基因的组成。当进一步分析JQ 1对CRC TFs的影响时，我们观察到对CRC mRNA水平的影响聚集在一起的是受影响程度较高的TFs和相对较少受影响的TFs。短期JQ 1处理后IKZF 1、PAX 5和c-MYC蛋白水平下调，Wes 全自动定量Western进行检测，使用其化学发光信号值进行定量，准确计算下调的比例。
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