前面三期，我们详细的介绍了分析三剑客“PCA、PLS-DA、OPLS-DA”，这几个工具的其中一个功能是降维，使数据可视化，今天我们就带来一个展示更加细致的可视化工具-火山图。
PCA讲解和做图实操视频
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什么是火山图？
火山图是一种可视化的工具，其本质是用于展示差异的散点图，因此我们能从图上看到很多不同的点。
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火山图怎么用？
因为火山图的本质是用于展示差异，因此我们可以用来展示差异基因、差异蛋白、差异代谢物、差异OTU，所以其应用范围就不限于代谢组，也同样可以用于基因组、转录组、蛋白组、微生物组等统计数据。
差异代谢物
差异基因
差异OTU
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火山图怎么看？
一般来说，不论是哪个组学的火山图，都包含有5个元素：
1.三条筛选线：2条垂直于X轴，1条垂直于Y轴，一般展示筛选条件；
2.六个区域：被3条区分线划分开的有6个区域，在不同的区域根据三条筛选线代表不同的意义。
3.不同颜色的点：红色点（上调），绿色点（下调），灰色点（无差异）；
4.横纵坐标：不同的筛选条件；
5.图例：备注组成该点的是基因、代谢物、蛋白质等。
除以上这些以外，部分图形中还会标注出一些重点关注的基因（代谢物、蛋白）
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代谢组火山图怎么看？
不同于其他组学，在代谢组学中会运用到VIP（PLS-DA或OPLS-DA）来进行差异代谢物的筛选，因此在代谢组学所绘制的火山图也存在两种类型：
1. 两种筛选条件：Log2FC+VIP
在这种情况下，FC值得筛选值可以选择为1.2/1.5/2及以上，VIP的值可以设定为0.8/1以上来进行筛选，展示出的图形则根据值得不同点的颜色有所变化。
横坐标：Log2FC
纵坐标：VIP
点的颜色：红色上调，绿色下调，灰色没有显著差异
2. 三种筛选条件：Log2FC+-Log10P-value+VIP
在这种情况下，FC值得筛选值可以选择为1.2/1.5/2及以上，p值可以选择用0.05/0.01，VIP的值可以设定为0.8/1以上来进行筛选。
横坐标：Log2FC
纵坐标：Log10P-value
点的大小：VIP值
点的颜色：红色上调，绿色下调，灰色没有显著差异（部分灰色的点混杂在绿色和红色中间表明这个代谢物满足两条坐标轴的筛选条件，但是不满足VIP值的筛选条件）
番外
为什么要做Log 2转换？
两个数相除获得的结果 （Fold Change）要么大于1，要么小于1，要么等于1。简单说，大于1表示上调（可以描述为上调多少倍），小于1表示下调（可以描述为下调为原来的多少分之多少）。大于1可以到无上限。小于1可以最小到0。用原始的Fold Change描述上调方便，描述下调不方便。绘制到图中时，上调占的空间多，下调占的空间少，展示起来不方便。所以一般会做Log2转换。默认我们都会用两倍差异 （Fold Change == 2 | 0.5）做为一个筛选标准。Log2转换的优势就体现出来了，上调的基因转换后Log2 (fold change)都大于等于1，下调的基因转换后Log2 (Fold Change)都小于等于-1。
99%的代谢组学研究者都在阅读下文：
●视频实操SCI作图课(3)：OPLS-DA分析，组间差异的挖掘神器
●干货 | 代谢组数据预处理（二）：巧踢离群值，让你的数据会说话
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