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视频实操SCI作图课(9):如何利用upsetR快速提取多组交集信息

迈维代谢
2022.4.21

上周我们介绍了韦恩图,本周我们一起来看一下与与韦恩图有相同功能但是又更高级的upsetR吧,也让我们在展示集合可视化方面有更多的选择。

视频解说教程

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什么是upsetR?

要了解upsetR,首先我们需要了解韦恩图,上一节我们已经分享了韦恩图的相关内容,我们知道韦恩图是集合交点定量可视化的一种解决方案,但是韦恩图的使用有组数的限制,因此需要一个可扩展的替代维恩图来可视化相交集及其属性。upSetR在这种情况下应运而生,它采用可扩展的基于矩阵的可视化来显示集合的交集、它们的大小和其他属性。

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upsetR什么时候用?

一般来说,upsetR主要用于直观展示5组以上样品的共有及特有信息,而韦恩图只能用于展示5组及以下样品中的信息交集,同时在达到5组样品时,如果样品之间交叉的信息复杂,韦恩图并不能辅助科研工作者很快的提取其中的信息,例如下图,虽然美观,但是如果要找出A组与B组之间共有的元素有多少个时,需要相加的部分非常多,也非常容易遗漏。

而此时,upsetR就能发挥较大的作用了。我们只需要在upsetR中在找到A和B中存在黑色点和连线的地方,对应上方的条形即在这两组中共有的元素个数,我们可以发现,在以下的分析中,A组和B组共有18个相同的元素。

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upsetR怎么看?

一般upsetR图主要包括3个部分,红色区域代表的是每个集合的名称和大小;绿色区域代表的是集合交叉的大小,与下方蓝色区域一一对应;蓝色区域代表集合之间是否有交叉,以及具体的交叉情况,黑色点代表存在于该集合,黑色点及中间有连线代表有交叉,灰色点代表不存在于该交叉。

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