影响高效毛细管电泳色谱仪迁移速率的因素有待分离分子的性质、缓冲液pH值、缓冲液离子强度、电场强度、电渗和支持介质的筛孔等。
一、待分离分子的性质：
待分离分子带的电量越大，直径越小，形状越接近球形，迁移速率越大。
二、缓冲液pH值：
缓冲液pH值距离其等电点越远，待分离分子所带净电量越大，迁移速率越大。但pH过高或过低会引起蛋白质变性。
三、缓冲液离子强度：
缓冲液离子强度过低，则缓冲能力差，不易维持pH恒定。
缓冲液离子强度过高，在待分离分子周围形成较强的带相反电荷的离子扩散层（离子氛），降低蛋白质的带电量，使迁移速率变小。
四、电场强度：
电场强度越高，颗粒的迁移速率越大。
五、电渗：
当电渗方向与电泳方向一致时，加快颗粒的迁移速率。反之，当两者方向相反时，减慢颗粒的迁移速率。
六、支持介质的筛孔：
支持介质的筛孔越小，颗粒在移动的过程中受到的阻力越大，迁移速率越小。
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