1、HPLC分离、纯化蛋白质的速度快。通常半小时左右可进行一次，大大缩短了纯化蛋白质的时间；
2、分辩率高。一根长10cm的色谱柱可分离十几种以上的物质；
3、适应面广，灵活性强，几乎所有的蛋白质根据它们的性质差别（等电点、疏水性、分子量、电荷分布等）都可以用不同HPLC方法进行分离提纯；
4、灵敏度高。HPLC现已广泛采用多种高灵敏度的检测器，如紫外、荧光、电导等。荧光的灵敏度可达10-9g；
5、重复性好，在作分析蛋白质分析试验时，误差一般不超过5%。
因此，HPLC在蛋白质分离纯化方面具有极其重要的位置。当然HPLC也有它的缺点，例如，仪器设备价格昂贵，虽然已有制备柱使用，但制备量还是受到限制，在某些方法中，由于使用有机溶剂，对蛋白质的活性会有一定影响。高效液相色谱仪是高效液相色谱的专用仪器，有很多种类，从类型看分为综合型高效液相色谱仪和专用型仪器，从功能上分为分析型、制备型、分析和制备兼用型。
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