毛细管电泳仪的主要部件有直流高压电源、毛细管、电极和电极槽、冲洗进样系统、检测系统和数据处理系统等。两个缓冲液瓶装有与毛细管内相同的背景缓冲液，将毛细管两端置于两个缓冲液瓶中，铂金电极分别插入两个缓冲液瓶中。在实验过程中，两个缓冲液瓶内的背景电解质溶液应保持在同一液面水平，并且毛细管两端也应插入到液面下同一深度，防止毛细管两端因压力差而产生虹吸效应引起溶液的流动，从而影响分析结果。
LED诱导荧光毛细管电泳仪利用各种规格超高亮度LED作为荧光激发光源，通过光导纤维将光直接引导至毛细管检测中心，避免光在毛细管壁产生的折射和散射，减小能量损失，提高测定灵敏度；自动变换波长，自动进样，波长范围宽、自动化程度高，能耗低、寿命长、操作简单便捷，主要应用于生命科学、药物分析和环境保护等领域。
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