方向性
密码子是对mRNA分子的碱基序列而言的，它的阅读方向是与mRNA的合成方向或mRNA编码方向一致的，即从5'端至3'端。
连续性
mRNA的读码方向从5'端至3'端方向，两个密码子之间无任何核苷酸隔开。mRNA链上碱基的插入、缺失和重叠，均会造成框移突变。
简并性
指一个氨基酸具有一种以上的密码子。密码子的第三位碱基改变往往不影响对其三联码编码氨基酸的翻译。
摆动性
mRNA上的密码子与转运RNA（tRNA）J上的反密码子配对辨认时，大多数情况遵守碱基互补配对原则，但也可出现不严格配对，尤其是密码子的第三位碱基与反密码子的第一位碱基配对时常出现不严格碱基互补，这种现象称为摆动配对。
通用性
蛋白质生物合成的整套密码，从原核生物到人类都通用。但已发现少数例外 [2] ，如动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。
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