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原代细胞分析之全攻略

2021.9.26
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空空

好好工作,天天开心

原代细胞转录组学和蛋白质组学NanoString Technologies的科学家发现,细胞群体的RNA平均表达水平不一定与群体中单个细胞的RNA表达相同。例如,有些基因持续在低水平表达,而另一些则在短时间内大量表达。对宏观测定而言,这样的表达模式被平均化。

该公司独特的数字表达谱分析系统能直接对单个RNA分析进行计数,zui多可分析单细胞中的800个不同分子。这是利用nCounter Single Cell Gene Expression Assay中的分子条形码来实现的,它识别特定的RNA分子。单细胞样品在裂解后,经过逆转录和预扩增,随后与分子条形码杂交,纯化后在nCounter®分析仪上读取。

哈佛大学的Hongkun Park研究小组与Broad研究院的Aviv Regev研究小组合作,来研究看似均质细胞中的基因表达异质性1。Park、Regev及其同事利用一种称为Smart-Seq的技术,来读取RNA转录本的覆盖。与原先的RNA-Seq方法相比,Smart-Seq让研究人员能够更详细了解mRNA选择性剪接所产生的异构体,同时更好地鉴定单核苷酸多态性(SNP)。

通过计算机分析,Regev和Park发现,mRNA丰度和剪接模式都存在之前未观察到的双峰(bimodal)变化,并通过RNA-荧光原位杂交(FISH)对精选转录本进行了验证。如今,他们正在扩展样品类型。Park谈道:“目前我们正将原代细胞RNA-Seq方法应用在各种免疫细胞、神经细胞和癌症细胞上,以便了解驱动细胞之间变化的因素、这种变化的动力学及其生物学影响。”

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