Wnt通路的细胞内信号传导至少分为三个分支：（1）β-连环蛋白通路（典型Wnt通路），激活细胞核中的靶基因；（2） 平面细胞极性途径，涉及jun N-末端激酶（JNK）；Wnt/Ca2+通路。最后两种可分为非规范Wnt途径。在平面细胞极性途径中，frizzled激活JNK并引导不对称细胞骨架组织和上皮层平面内细胞的协调极化。该途径涉及Fmi、KNY和Stbm。Wnt/Ca2+途径导致细胞内Ca2+的释放，可能通过G蛋白。该途径涉及PLC和PKC的激活。钙离子升高可激活磷酸酶钙调磷酸酶，从而导致转录因子NF-AT的去磷酸化及其在细胞核中的积累。
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