①低钾血症，棉酚可以促进肾脏组织合成前列腺素及抑制钾一钠三磷酸腺成酶的活性，降低肾脏保留钾的能力，从而导致低钾血症。使用中必须熟悉低钾血症的临床表现，及时发现与处理，以便杜绝不良后果，有条件者应定期监测血钾的水平。
②永久性无精子症，棉酚可致生精上皮萎缩，然而个体间的差异很大，有些人用后生精上皮的形态不发生明显的变化；有少数人却可发生明显萎缩。部分损害时仍有可能恢复生育力，但若全部受损则不能恢复，而造成永久性不育。事先不能预测其发生；一旦发生后，又无有效的治疗方法，故预防其发生非常重要。建议连续用药时间最长为2年，以后改用其它避孕方法，并观察精子计数恢复的情况。若希望重复用药者，必须等待精子计数恢复正常后再用。
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