着丝粒区域一般处于异染色质状态，这对于其对黏连蛋白复合体的招募十分重要。在这种染色质中，一般的组蛋白H3被另外的中心粒特异性蛋白（人类中为CENP-A）代替。 [4] CENP-A被认为对动粒在着丝粒上的组装起重要作用。研究发现CENP-C几乎专一地定位于结合CENP-A的染色质区域。在着丝粒区域中，对于人类，其组蛋白的主要修饰为H4K20me3和H3K9me3。 [5]
在裂殖酵母中，着丝粒异染色质的形成与RNAi有关。在线虫类，一些植物，以及半翅类，鞘翅类昆虫中，染色体主要以全着丝的形式存在，表明其不存在优先的微管蛋白结合位点
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