目前使用较广泛的为色谱联用分析法和色谱与核磁共振联用分析法。
色谱与质谱的联用是应用于药物分析中最为活跃的技术， 能够使样品的分离、定性、定量一次完成。色谱技术为质谱分析提供了纯化的试样， 质谱则提供准确的结构信息。
液相色谱-质谱联用（LC-MS）是目前最重要的分离分析方法之一，HPLC的高分离性能和MS的高选择性，高灵敏度及丰富的结构信息相结合，已成为体内药物分析研究中强有力的工具。分析前样品预处理简单， 一般无需衍生化或水解， 更适合于体内药物的分离和鉴定。
GC-MS联用技术已经是一门成熟的分析鉴定技术， 适合于挥发性强、热稳定的药物的分离。
随着核磁共振（NMR）仪在灵敏度、分辩率、动态范围等方面技术的提高， 色谱， 特别是HPLC与NMR 仪直接联用已成为可能， 并已经成为体内药物分析中有力的结构鉴定技术之一。
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