大约90%的患者诊断时处于慢性期，慢性期诊断需除外非侵袭性疾病。在甲磺酸盐（格列卫或STI-571）问世以前，患者在慢性期用小剂量化疗无病存活期从数月到数年不等。如不治疗，大多数患者将在3～8年内病情进展。进入加速期后，通常在3个月内进展到急变期。75%～80%的患者如不治疗将会发展到急变期，急变期是ACML的恶性变，很难通过化疗控制，短期会导致死亡。
ACML慢性期为单纯费城染色体，发展到加速期或急变期时有新的异常染色体核型（如双费城染色体，Y或8号染色体三体等）出现。ACML急变类型多数为急性髓系白血病，大约1/3为急性淋巴细胞变，免疫分型多为B-ALL，T-ALL极少见，急淋变患者的年龄较急性髓系白血病变的患者小。
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