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兔脑孢原虫的成熟孢子呈卵圆形,很小,大小约1.5μm×2.5μm,内含清晰可见的极管或极丝,向外突出,该结构是微孢子虫区别于其它所有原虫的特征。极管是用来协助含微孢子虫细胞核的孢子原浆进入宿主的细胞内。成熟孢子内还有一个晚期空泡。孢子囊壁分三层:外层为糖蛋白衣壳;中层为几丁质;内层是胞浆膜。