按照系统器官和发生率，对不良反应进行了分类，其中发生频率的分类类别为：
非常常见 (≥10%)；常见 (≥1%，<10%)；不常见 (≥0.1%，<1%)；罕见(≥0.01%，<0.1%)，非常罕见(<0.01%)。
眼睛的征象：
·非常常见：角膜微沉淀，在成人中几乎会普遍地出现，通常局限于瞳孔下面的区域，并不提示为治疗的禁忌。在例外情况下，它们可能伴有有色的耀眼的晕轮或视力模糊。这种角膜微沉淀由复合的脂质沉积组成，在停止胺碘酮治疗后通常完全可逆。
·非常罕见：伴有视物模糊、视力减退和眼底视乳头水肿的视神经病（视神经炎）。视觉灵敏度可能会或多或少地降低。现在，这种视神经病与胺碘酮之间的关系尚没有确立。但是，如果出现任何其它明显的原因，推荐暂停胺碘酮给药。
皮肤的征象：
非常常见：光过敏反应。在胺碘酮治疗期间，建议患者避免暴露于阳光（以及紫外光）下。
常见：在每日高剂量长期治疗过程中，患者的皮肤出现的淡紫色或蓝灰色色素沉着；在治疗停止之后，这种色素沉着将缓慢地消失（10-24个月）。
非常罕见：
·在放射治疗期间出现的红斑。
·皮疹，一般没有非常强的特异性。
·剥脱性皮炎，虽然剥脱性皮炎与胺碘酮之间的相互关系尚没有确立。
·脱发。
风疹
甲状腺征象：
非常常见：
·在缺乏任何甲状腺机能障碍临床征象的情况下，可以出现“分离”的甲状腺激素水平（T4水平增加，T3水平正常或轻微下降），这并不需要停止治疗。
常见：
·具有典型表现的甲状腺机能减退：体重增加、畏寒、淡漠、昏昏欲睡；如果TSH出现明确的增高，则提示上述诊断。在停止胺碘酮治疗后1-3个月内，甲状腺功能可以逐渐恢复正常：停止治疗不是必需的。如果有正当理由的治疗指征，那么可以继续应用胺碘酮治疗，在胺碘酮治疗的同时联合应用L-甲状腺素替代治疗，将TSH水平作为给药剂量的指导。
·甲状腺机能亢进更加具有误导性：患者很少具有症状（轻微的无法解释的体重下降，抗心绞痛和/或抗心律失常治疗有效性下降）：在老年患者中表现为精神病的形式，或者甚至表现为甲状腺毒症。
·超敏TSH水平的下降可以确定这种诊断。有必要暂停胺碘酮的治疗：在3-4周之内，通常足以获得临床恢复。严重的病例可以导致患者的死亡，需紧急给予恰当的治疗。
·如果考虑甲状腺毒症，无论是出于甲状腺本身原因还是甲状腺所致的心脏失衡，当合成的抗甲状腺药物效果不恒定，则提示应直接应用皮质类固醇（1mg/kg）治疗，治疗时间应该足够长（3个月）。在停止胺碘酮治疗后的数月内，仍有甲状腺机能亢进的病例报道。
肺脏征象：
常见：已经报道了弥漫性间质性或肺泡性肺病和闭塞性细支气管炎伴机化性肺炎（BOOP），有时候这些疾病是致死性的。如果出现呼吸困难或干咳，无论单发，还是合并全身状态恶化（疲乏、体重下降、发热），均需要进行放射学对照检查，如果有必要，那么需要暂停治疗。这些形式的肺病实际上可以发展为肺纤维化。
不管是否与皮质类固醇治疗相关，胺碘酮的早期停药可以导致这种紊乱状态的恢复，临床征象通常在3或4周内消失。放射检查和功能改善通常较慢（数个月）。
已经报道了一些胸膜炎病例，这一般与间质性肺病相关。
非常罕见：
·支气管痉挛，特别是在哮喘患者中。
·急呼吸窘迫综合征，有时候是致死性的，有时候在手术后即刻出现（已经认为可能与高剂量氧存在着相互作用）（参见注意事项）。
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