本病的确切病因尚不清楚，目前较公认的分型有：
1.腹泻后溶血尿毒综合征（post-diarrheaHUS,D+HUS）
占全部病例的90%左右，又称典型溶血尿毒综合征。本病与产生螺旋毒素的细菌有关，如致病性大肠杆菌O157：H7、O26、O121、O145等株及志贺痢疾杆菌Ⅰ型。75%的病例与致病性大肠杆菌O157：H7感染有关。该病菌寄生于家畜的肠道，常通过未熟的肉类和未及巴氏消毒的牛奶传播。
2.无腹泻溶血尿毒综合征（non-diarrheaHUS,D-HUS）
约占10%的病例，又称非典型溶血尿毒综合征。常与以下因素有关：
（1）感染 包括细菌感染（肺炎球菌、空肠弯曲菌、伤寒杆菌、假单胞菌属、耶辛那菌、类杆菌等）和病毒感染（流感病毒、EB病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、人类免疫缺陷病毒等）。
（2）药物 使用环孢素、丝裂菌素、光辉霉素、干扰素诱导剂、吉西他滨等。
（3）其他 系统性红斑狼疮、肿瘤、恶性高血压、器官移植等。有家族中同患溶血尿毒综合征的报道，为常染色体隐形或显性遗传。
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