通过在递增药物浓度的环境中多次传代病毒，可以选定对扎那米韦敏感性下降的流感病毒。对这些由细胞培养的病毒进行基因分析，对扎那米韦敏感性的下降与基因突变而导致的神经氨酸酶或红血球凝聚素或两者的氨基酸改变有关。由细胞培养选定的已发生神经氨酸酶氨基酸替换的耐药性突变包括E119G/A/D 和R292K。 由细胞培养选定的已发生红血球凝聚素替代的突变包括K68R, G75E, E114K, N145S, S165N, S186F, N199S, 和K222T。 在感染了流感B病毒的免疫低下病人中，使用扎那米韦研究性喷雾溶液治疗2周后有病毒变异体出现。对这些变异进行分析发现一个红血球凝聚素的替换（T198I）导致人体细胞受体亲和力的下降，神经氨酸酶活性位点（R152K）的替换将该酶对扎那米韦的活性降低了1000倍。能表征扎那米韦在临床使用中会出现耐药性危险的信息还很缺乏。
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