1 单个蛋白鉴定
1. 用于鉴定纯化的单个蛋白的溶液或粉末，或经过SDS-PAGE（Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）的单个条带或二维电泳的单个点。
2. 蛋白酶解成多肽。
3. 液相分离多肽，离子化的多肽进入质谱，母离子检测，母离子裂解成一系列子离子，子离子检测。
4. 数据库检索。
5. 人工验证，输出报告。
2 蛋白混合物的鉴定
•用于鉴定含多种蛋白的混合物，根据样品的复杂程度采取不同的策略分离后再进行质谱鉴定。
3 差异蛋白分析
•相对定量：比较两组细胞/体液中的蛋白，找出差异蛋白
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