颅内生殖细胞肿瘤治疗方法的选择依赖于肿瘤的部位，大小和病理性质等诸多因素，各种颅内生殖细胞肿瘤的预后差异很大，每个患者的具体情况也不同，对各类颅内生殖细胞肿瘤制定统一的治疗方式是不现实的，但多数强调放疗、化疗和手术的综合治疗。原则上应对经组织学检查确诊的生殖细胞瘤者先采用化疗后补充放疗，单独化疗只能治愈部分生殖细胞瘤，但半数病人会复发，单纯化疗而不加用放疗是不可取的。
生殖细胞瘤主要治疗手段为中等剂量的放疗和以铂剂为基础的化疗联合，手术和活检的目的是取得准确的病理，畸胎瘤主要为手术切除，而其他NG-GCTs则必须全面评估手术切除，术前和或术后化放疗的利弊，采取个体化的综合治疗。先化疗再手术，术后再化疗和放疗的“三明治”式治疗方法临床常常被采用。
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